تتشكل الإدارة المركزية لوزارة الشؤون الإسلامية والتعليم الأصلي من:

 ديوان الوزير؛
 الأمانة العامة؛
المديريات المركزية و الجهوية.

يضم ديوان الوزير:
• (8) مكلفين بمهام ؛ :
• ثمانية (8) مستشارين فنيين ؛
مستشار مكلف بالشؤون الإسلامية
- مستشار مكلف بالتعليم الأصلي
- مستشار مكلف بمحو الأمية
- مستشار مكلف بالشؤون القانونية
- مستشار مكلف بالتقنيات الجديدة
- مستشار مكلف بالتعاون والتخطيط
- مستشار مكلف بالإتصال
• مفتشية داخلية ؛
• كاتبا خاصا للوزير .
الأمانة العامة
تضم الأمانة العامة :
• أمينا عاما؛
• المصالح الملحقة بالأمانة العامة.
تلحق بالأمين العام المصالح التالية:
- مصلحة السكرتارية المركزية
- مصلحة استقبال الجمهور
- مصلحة الترجمة
- مصلحة المعلوماتية والتوثيق|

المديريات المركزية هي:

مديرية التوجيه الإسلامي؛ وتضم 4 مصالح هي:
- مصلحة نشر وطباعة القرآن الكريم
- مصلحة الأنشطة الموسمية
- مصلحة الزوايا والروابط
- مصلحة الشعائر ومتابعة العمل الخيري
مديرية المساجد؛وتضم مصلحتين هما :
- مصلحة تسيير المساجد
- مصلحة التكوين والتأطير
مديرية الحج والعمرة؛ وتضم 3 مصالح هي:
- مصلحة التحضير والإشراف
- مصلحة العلاقات مع الشركاء
- مصلحة التنفيذ والمتابعة
مديرية التخطيط والبرمجة والإحصاء والتعاون؛ وتضم 3 مصالح هي:
- مصلحة التخطيط والبرمجة
- مصلحة التعاون
- مصلحة الإحصاء
المديرية المكلفة بالمؤسسات؛ وتضم مصلحتين هما:
- مصلحة المؤسسات
- مصلحة المعاهد الأهلية
مديرية المحاظر و التعليم الأصلي؛ وتضم مصلحتين هما:
- مصلحة المحاظر
- مصلحة المدارس القرآنية

مديرية الشؤون الإدارية و المالية؛ وتضم 3 مصالح هي:
- مصلحة الأشخاص
- مصلحة المحاسبة واللوازم
- مصلحة متابعة الصفقات

مديرية محاربة الأمية وتعليم الكبار؛ وتضم 3 مصالح هي:
- مصلحة البرامج والمواد التعليمية
- مصلحة المتابعة والتقويم
- مصلحة تسييرالشراكة والعلاقة مع المتدخلين
- مصلحة السكرتاريا والتوثيق